古生物学の分野では、洞窟から発見される化石の調査・研究を行っています。 日本の洞窟からは、ナウマンゾウ、オオツノジカで代表される、 現在、見ることのできない絶滅動物の貴重な標本が数多く発見されています。 これらの研究は、生物進化史の空白を埋める重要な研究領域となっています。 また石灰岩洞窟の母岩である石灰岩からは，数多くの化石が発見されており、 洞窟の形成に密接に関わる石灰岩の形成、 およびその周辺地域の地質の解明もあわせて行っています。