日本洞窟学会は、洞窟に関する事象を科学的、総合的に究明し、洞窟学の進歩普及を図ることを目的としています。
洞窟生物の研究者による「日本洞窟地下水研究会」や地学関係の研究グループが母体となり、1975年に創設されました。1996年には「日本洞窟協会」「日本ケイビング協会」「日本火山洞窟学会」などのケイビング組織と合併し、1999年に日本学術会議へ登録されました。
また、世界61ヵ国の洞窟学会・組織による「国際洞窟学連盟（UIS; Union Internationale de Speleologie）」の一員としても活動しています。UISは「国際学術会議（ISC; International Science Council）」にScientific Associatesとして参画しています。